Свердловина на вапняку практично стерильна в порівнянні з іншими джерелами води - свердловиною на піску, колодязем, джерелом або відкритим водоймою. Найнебезпечніші забруднення формуються на поверхні, тому ступінь забрудненості джерела води зростає зі зменшенням його глибини.
Щоб забезпечити заміський будинок якісною водою, спочатку необхідно забезпечити належну якість буріння та обсадження свердловини. Небезпека мікробіологічного зараження артезіанської води малоймовірна за умови суворого дотримання технологічних стандартів буріння, обсадки, облаштування та подальшого використання свердловин. При безграмотному технічному виконанні навіть в дуже глибоку артезіанську свердловину легко потраплять поверхневі та грунтові води з повним набором хімічного і мікробіологічного забруднення.
Основні причини мікробіологічного і хімічного забруднення води з артезіанської свердловини: браковані обсадні труби, браковані з'єднання (стики) між обсадними трубами - зварювальні або нарізні, неправильна герметизація затрубного простору, потрапляння поверхневих вод в кесон і потім у свердловину - наприклад, через погано загерметизовані кабельну муфту.
Попадання поверхневих забруднень в водозабірну частина свердловини зведе нанівець переваги ретельно підібраною і налагодженої системи фільтрів. Фільтри ефективно очищають воду лише при постійних параметрах забруднень. Саме тому раз на рік бажано здавати воду на аналіз навіть з благополучної свердловини. У разі появи змін в хімскладу вхідної води фільтри можна буде переналаштувати, щоб уникнути зниження ефективності водоочищення.